更令人質疑的是，內部的決策過程缺乏公文紀錄。《警政時報》調查發現，相關單位針對原廠商的清算指令與工程調度，多數是專案主持人透過 LINE 群組進行「私下交辦」，還有工程日誌出現非原承攬商人員簽署工程日誌的情形。這種規避行政監督、企圖不留痕跡的作法，遭質疑是「黑箱清算」，不僅損害廠商權益，更破壞了政府專案的公正性。
除了專案清算過程充滿瑕疵，《警政時報》也質疑，該案混凝土設計強度與配比需求均已明確規範，但換人接手後，是否確實依照原始設計執行？是否存在未經核定的變更？若設計與施工之間出現落差，恐將直接影響結構安全與耐久性。 此外，根據相關資料顯示，CLSM（控制性低強度回填材料）強度，數值呈現區間差異，而非穩定落在標準範圍內。業內專業人士分析，若材料強度不穩定，代表施工過程中可能存在控管落差，恐影響回填密實度與地層穩定。
針對包括清算指令疑透過通訊軟體下達、未完成解約即更換施工廠商，與工程日誌簽署身分疑點，及施工品質等工程風險等種種爭議，《警政時報》向得標業者查證，但相關單位尚未給予完整回應。
