中國交通運輸部宣稱將於我國東部海域進行所謂的「海上交通專項執法行動」、「預計6月7日可抵達相關海域」案，海巡署表示，中國在台灣東部海域不享有任何主權權利，此舉違反國際法規定，嚴重背離事實。
海巡署駁斥聲明如下：
一、海巡署運用聯合情監偵手段，全程掌握中國船舶動態，並部署必要的艦艇妥適對應，目前偵獲中國「海巡06」、「海巡08」、「海巡09」及「東海救113」等4艘公務船，自廈門港出港航往至我國西南海域，沿著我國限制水域線外航行。海巡署調派淡水艦、吉安艦、高雄艦、長濱艦及花蓮艦等5艦超前部署，並前推100噸級巡防艇至24浬線上協助監控，中國公務船全程未進入我國限制水域內，臺灣周邊海域船舶維持正常航行。
二、從上（5）月中國科研船「同濟號」侵擾臺灣周邊海域、近日海警船及「海絲路6號」海調船擅闖東沙，本次甚至對台灣東部海域進行所謂的「海上交通專項執法行動」，中國藉機升高對我灰色襲擾，營造其擁有「管轄權」的假象，企圖片面改變台海現狀之行徑，不僅違反國際法規定，更嚴重背離事實，海巡署予以嚴正譴責，也將採取一切必要的手段與作為，堅定捍衛國家主權，確保我國海域安全。
據中國媒體《新華社》報導，中國交通運輸部組織福建海事局、廣東海事局、東海航海保障中心、東海救助局開展台灣島東部海域海上交通專項執法行動，「全面履行我國海上行政執法管轄權，增強深遠海巡航執法和重點水域交通管控能力，保障海上交通安全，維護國家權益。」
報導中稱，這是針對日本和菲律賓單方面宣佈啓動台灣島以東「海域劃界談判」、嚴重侵犯中國領土主權和海洋權益採取的必要行動。
