台南身為綠營優勢選區，黨內初選往往比大選更受矚目。陳亭妃說，正式獲黨提名以後，她立即展開議員初選協調工作，第一步是拜託4連霸議員的妹妹陳怡珍放棄連任，讓該區（北區、中西區）變成同額競選；此外，台南市東區初選4搶2，她希望整合未出線者，因此向王定宇借將，找王的子弟兵、東區初選落敗的卓佩于加入自己團隊，「我認為我有責任趕快去整合。」
陳亭妃強調，民進黨的傳統就是初選激烈、選後團結，6月底她召開首次競選組織架構會議，就是跨派系合作，現場有總督導陳明文、現任台南市長黃偉哲、台南立委、議長邱莉莉、黨籍議員、黨部主委等；現場討論後也決定，競選團隊架構循例由市長擔任主委，立委及議長任副主委，立委並負責各區督導工作；競選總幹事由市黨部主委林志展出任，執行總幹事則是市黨部執行長、陳亭妃胞妹陳怡珍。
陳亭妃說，陳怡珍未尋求議員連任，現在出任市黨部執行長跟她的執行總幹事，剛好可協助接洽競選總部與市黨部，並處理議員、市長與黨部的需求。
當時的競選組織架構會議也決議，2026的競選組織架構要無縫接軌2028大選。陳亭妃說，年底選舉，台南各區立委就是她的副主委，總統則是名譽主委，到了2028大選角色對調，變成總統、立委是參選人，她則會帶著議員以組織全力相挺，「因為台南有使命、有壓力，2028的得票，一定要贏過三足鼎立的2024年。」
