2023年7月22日上午11點多，學生甲生以Messenger傳送「XXX（涉案乙師姓名）有跟我在一起，可以不要給他當老師嗎？主仁（任）」「他真的有跟我在一 起」「你想的到的他都有跟我做了」等文字訊息給南聰時任教務主任陳杉吉，疑似為師對生校園性別事件。
依照性平法規，教職員工知悉後應於24小時內通報並啟動調查。陳杉吉雖告知時任學務主任郭勇佐，郭勇佐又將對話截圖傳給時任輔導主任黃法川，並以電話告知時任校長陳秀雅；然而，郭勇佐卻指示一名代理老師以「親師生衝突事件」做一般通報，未確實進行校安通報及社政通報，違反《性別平等教育法》。
隱匿不通報 要求刪文
7月24日，黃法川又與一名心理諮商專業教師約甲生回學校，一同詢問甲生，並要求甲生刪除指控乙師是「渣女」的社群貼文；同一天，黃法川向陳秀雅建議召開「校園危機處理會議」，將事件定調為溝通問題，陳秀雅也同意。根據性平法規，任何人不得私設校園性別事件處理機制，要求刪文則涉及隱匿、串證及湮滅證據。
全案差點被集體掩蓋，直到8月23日，臺南市家防中心收到性平事件通報，去電南聰，詢問該校是否有該兩位當事人？南聰才向社會局進行法定校園性別事件通報，事件才正式進入性平調查程序。
性平小組 資格不適法
離譜的是，啟動調查後，南聰還是處處違法，不僅教評會未依規定暫時停聘乙師，且學校成立的5人調查小組中，僅1人具備調查專業素養。南聰前後做出二次調查結果，均被教育部認定有重大瑕疵，遭退回並要求重新調查。直到2025年7月18日，重啟調查報告才認定乙師違反專業倫理且情節嚴重，建議解聘及2年不得聘任。
竄改會議記錄 犯後卸責
2023年案發後，教育部入南聰訪視，時任學務主任黃法川又修改會議記錄，涉嫌製作內容不實的會議紀錄，涉犯行使變造公文書。教育部調查後，發現南聰主管人員在整個通報及調查過程中有諸多缺失，突顯相關權責人員視疑似校園性別事件事證為無物，缺乏依法行政的信念，犯後還推卸責任，非常不可取。
據悉，多位南聰老師早就注意到乙師與甲生之間的互動不妥，也曾直接提醒過乙師，相關主管人員卻稱自己毫不知情，利用甲生家庭功能不佳、身心障礙等弱勢處境來汙名化、否定學生，案發後也沒有依法提供具體支援措施，如心理諮商、資源轉介等，造成學生持續性心理傷害。
轟動一時 多年後仍未改善
南聰自1995年至2012年間陸續發生大量校園性侵害及性騷擾事件。起初是一名女學生長達八個月遭同校男學生多次性侵，後續又發現高達164件疑似性侵害及性騷擾案件，涉及約90名被害人及90名加害人，地點遍及宿舍、校車、校園及校外場所，造成許多聽障學生身心嚴重受創，引發社會嘩然。案件曾被記錄出版書籍《沉默：台灣某特教學校集體性侵事件》，也被翻拍成電影《無聲》，被稱為台版《熔爐》——由孔劉主演、改編自韓國光州「仁和聾啞學校性侵虐待事件」的韓國電影。
入校輔導 突然終止
當年案發後，監察院曾於2012年彈劾16名教育人員，並糾正教育部、南聰、內政部及臺南市政府，要求相關機關全面改善，並組成「專業輔導諮詢小組」及「性平事件專業輔導小組」，由學者專家定期入校協助，改善校園安全空間、教職員手語能力、性平案件通報及調查程序、被害學生心理輔導等機制。然而，2015年，教育部突然終止專案輔導，改以「14所特殊教育學校共同督導計畫」，改隸國立臺南大學後，採取「尊重學校特教專業」立場，並未積極督導性別平等工作。
年挹過億經費 缺失多年未改善
從2016年至2024年，教育部每年挹注一億五千萬元以上的經費給南聰，用於校務基金、交通與照顧費用等，加上南聰學生人數陸續減少，近年含幼兒部、國教階段、到高職部學生僅有一百多人，教職員人數甚至比學生多。儘管如此，南聰2012至2023年12年來卻有高達180件疑似校園性別事件通報，調查後成立件數59件，相較於其他14所特殊教育學校，案件數偏高。值得注意的是，南聰有超過三分之一的教育相關人員從1995年案發至今仍在南聰教育現場，部分人員更升為主任、校長等要職。
軍事化管理 學生住宿如入監
近年監察院啟動調查，發現多年前要求改善的重要問題，至今仍然存在，包含校園性別事件處理制度不完善、延遲通報、調查委員不適法、教師手語能力不足等。此外，校園安全空間改善不足，例如宿舍監視設備仍存在死角，校車求救裝置未考量聽障學生需求，缺乏燈光警示設備等；校園管理仍偏向軍事化，以控制空間使用為主，未真正落實以學生需求為中心的教育理念。
失職後高升 人本呼籲勿輕輕放下
2025年監察院糾正教育部、臺南大學、南聰時便指出，本案至少有4名學校主管人員未落實性平案件通報，多年來關注南聰案的人本教育基金會質疑，如今監察院通過彈劾黃法川、郭勇佐，為何時任校長陳秀雅、以及最早知情的時任教務主任陳杉吉還沒有遭到彈劾？
人本教育基金會主任秘書陳志遠表示，陳秀雅掌握通報流程、同意召開校園危機處理會議，明顯為決策錯誤。「陳秀雅14年前是輔導主任，當年，她逼迫被害女學生轉學，後來高升校長」；陳杉吉長年任教於南聰，「14年前是教務組長，後來高升輔導主任」，「這些14年前被輕放且高升的人，後來完全沒有記取教訓！」陳志遠表示，教職員及工友均有通報義務，必須依法追究其責任而非輕輕放下。
