對於中央是否會對饒慶鈴做出實質裁處，邱垂正態度強硬，並當場指出饒慶鈴先前前往中國訪問，在未向移民署依法報備的情況下，私自變更行程去會見中共國台辦主任宋濤，留下了不良紀錄。這次海峽論壇，政府更是多次公開嚴正說明「禁止中央與地方公務人員以任何形式參加論壇，包括視訊、錄影方式」，饒慶鈴卻執意投遞影片，陸委會將依法依據《兩岸條例》第33條之一的相關規定，函請主管機關內政部深入了解並進行行政查處。
邱垂正強調，政府各部門其實都非常積極在協助台灣農民開拓海外市場，從未禁止縣市首長前往中國或其他國家推介觀光或促銷產品。然而，唯獨「海峽論壇」是不折不扣的統戰工具，在該論壇上被討論的台灣農漁產品，絕不會被北京當作單純的經濟議題。
邱垂正說：「從這次海峽論壇可以看到，台灣農產品被要求必須在『九二共識』的前提下，才能輸往中國。只要帶有政治前提，就必定伴隨高度風險。我們全力支持首長促銷，但絕不贊成讓農民重蹈『養套殺』的陷阱，因為台灣過去付出的代價已經相當慘痛！」陸委會最後呼籲地方首長，在進行兩岸交流時應看清政治陷阱，捍衛台灣農業的永續與尊嚴，而非扈從中共的統戰策略。
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