今天上午會議才剛一開始，國民黨立委王育敏針對會議名稱沒有「輻射」兩字提出程序發言，接續也有多位團體代表質疑，會議主席、台灣動物社會研究會執行長朱增宏決定改變議程，先討論題目，再來針對公聽會上要討論的爭點，沒想到光題目就足足討論一整個上午。
會議過程中，一度還有民眾情緒激動，表明反對日本輻射食品輸台，拿著國旗衝上台大罵「台灣不是日本殖民地，竟然在沒有國旗的地方偷偷摸摸辦會議。」愛國同心會代表張秀葉則是發言指出，我們家裡上有父母、下有孩子，吃了輻射食品會全家死翹翹。
新北市議員陳明義就多次發言堅持，題目一定要將「茨城、栃木、千葉、群馬」納入題目中，因為這是衛生署當時在福島核災爆發後，公告暫停受理輸入報驗，也是爭議的源頭，必須把這幾個縣的名字加入題目；立委王育敏則堅持一定要把「輻射」兩字納入題目，否則就只是個官樣的公聽會，而非公平的讓公民參與的公聽會。
會議過程中，各方代表均提出可以接受的題目版本，包括「日本及福島核災鄰近地區食品輸台：輻射、安全與風險」、「核災後日本食品是否輸入台灣及管理方式公聽會」、「日本核災地區茨城、栃木、千葉、群馬輻射食品開放公聽會」等，一度多達十一個版本，甚至有代表主張表決，但遭到與會者反對，認為現場代表無法代表全民，必須凝聚共識而非表決。
主要的爭議點包括到底要不要把核災周圍四縣寫在其中，甚至連「輸台」到底要不要寫在題目內都有多次言詞交鋒，民間團體也多次發言希望能納入「風險分析與危害評估等字眼」，經過三小時的討論後才終於凝聚共識。
對此農委會副主委陳吉仲表示，雖然一個早上只完成題目的擬定，但過程中尚稱理性，代表也都充分表達意見，也聽到很多寶貴意見，對於題目擬定予以尊重。行政院食品安全辦公室主任許輔則是表示，目前暫訂會有三場公聽會，如果預備會議中認為需要加開更多場，也會根據會議共識來安排；另外，如果今天預備會議討論不完的部分，也不排除加開第二場預備會議。
