檢方訊問馬至少50道題目，只要馬的回答不夠明確，立即再追問，厚厚1疊筆錄超過18頁，檢方也在訊問馬的偵查庭旁加開了1間偵查庭充當臨時討論室，就近對馬、江及黃等3人說法比對，只要遇到矛盾或不合理處，隨即交換手上的偵訊筆錄再繼續問案，未讓馬、江及黃等3人當庭對質。
雖然檢方鎖定的調查範圍是103年9月4日，馬英九教唆黃世銘向江宜樺報告案情，但檢方為釐清因果關係，訊問範圍拉長到8月31日黃世銘首度夜奔總統官邸向馬英九報告到特偵組在9月6日召開記者會，因此，連前總統副祕書長羅智強也臨時被找來做證。
由於檢方問案詳細，加上馬英九等人看筆錄都非常仔細，才讓偵訊時間拖到晚上才結束。檢方原本打算在上月30日訊問馬英九，不過，由於江宜樺在香港另有行程，無法錯開時間來台，偏偏檢方也想畢其功於一役，打算一次問完案情搞定全案，最後馬英九配合江宜樺的行程，同意改到12月1日開庭，黃世銘因退休，對於訊問時間沒有意見，願配合檢方選定時間來開庭。
