首先是二地媽祖的預定高度不同，澎湖媽祖比台中的設計高度多出16公尺，台中市府檢討建築相關法令，已將原本規劃的4層樓、36公尺高的基座，降為3層、20公尺高，以配合澎湖媽祖高度，才能通過環評，並加強鋼構防震係數，避免因強震或颱風來襲而倒塌。
第二是載重部分，因台中媽祖的設計重量為1600公噸、澎湖媽祖僅600公噸，相差1000公噸，澎湖媽祖雖然比較輕，應該不至於讓台中媽祖基座超重，但為求謹慎，台中市府建設局仍重新計算基座結構，確認載重配置是否符合澎湖媽祖的設計。
第三是澎湖媽祖的高度驚人，需逐一拆解再跨海運到台中，不僅過程耗時，還得出動許多大型吊掛機具配合。
第四則是媽祖與基座的連接方式，台中市府經過電腦模擬，基座已先預留接合點，無論是澎湖媽祖或新作神像，都可順利接合安座。
