農委會官員透露，育英二號與漁訓二號英文拼音類似，而且都會固定前往日本港口停泊，差別在於漁訓二號固定前往東京，航線不會經過釣魚台海域，也被國安單位詢問好幾次後才證明認錯船，最後經由漁業署反覆查證，確認日方關注的是教育部國教署的育英二號。
基隆海事就表示，日本海上保安廳的船艦與直升機一直都在附近巡邏，育英二號船身是白色，依照國際慣例就是屬於公務船，時速也都維持在16節左右，穩定朝沖繩那霸前進，以日本海上保安廳的經驗，應該不會認錯，可能是距離過於遙遠，加上英文拼音很接近漁訓二號，才讓嚴謹的日本人也搞錯。
熟悉航海的船長私下透露，會經過釣魚台的航線並不多，尤其是郵輪幾乎都會避開，避免不必要的爭議，而我們的海洋研究船也都與日本海上保安廳有默契，短時間停留採集完海底泥或水文後，會迅速離開，日本船艦通常先遠遠觀察，一旦停留太久才會靠近並驅離。
