2013年8月，台灣成棒代表隊參與WBC世界棒球經典賽，卻爆出無法熟悉比賽場地、球員沒早餐吃，返台時竟分成13批回來，球員還沒有國光獎金可拿等爭議，引發球員、教練和球迷大肆抨擊。
學生家長也爆料指出，2015年8月，以汐止國小為主體的台灣少棒代表隊，在亞太區資格賽就一路過關斬將，打進在美國加州舉辦的小馬聯盟世界少棒錦標賽，原本希望提前3天到當地調整時差，但棒協非但不准，還在小球員腦袋昏昏沉沉時，陪著棒協人員出席與僑胞的應酬晚宴，隔天就接著比賽，竟然輸給賽前不被看好的美東球隊，更被外界批評是輕敵。
2016年8月，棒協被爆出有青棒代表隊赴美參與LLB青棒賽凱旋歸國，理事長廖正井卻因該比賽無關係國際排名的「積分」，而批評前往接機的人員是「大張旗鼓」，此舉被桃園市議員在臉書爆料，質疑棒協根本大小眼，只會打積分球。
2017年4月，立委張廖萬堅爆料，攸關LLB世界青少棒錦標賽國手選拔的謝國城盃全國青少棒錦標賽，比賽中卻發生裁判黑箱疑雲，認為裁判控制比賽勝負。棒協當時則回應是裁判誤判，並沒有立委指稱的黑箱做法。
