林哲民透露，《海角七号》裡「高砂丸」航行的畫面原設定是全CG製作，但魏德聖在好來塢特效公司工作的朋友認為，可參考《鐵達尼號》製作縮小比例模型船實拍，「搭配攝影機的格數調整等步驟，觀影時就會像看到一艘真的大船。」
當時特效組造了一艘2.5公尺的模型船，考慮吃水、馬達轉速、特殊鏡頭使用、特效用綠幕等問題。「沒想到船從台北運到南部就倒了，必須修理；拍攝時又碰到落山風。」林哲民坦承，「我們沒算到自然的變數。」因此又改以全CG製作。
儘管《海角七号》特效製作不順，票房卻開低走高，全台狂賣5億3千萬元，林哲民也因台灣電影市場重新活絡，開始參加國際特效高峰會，和韓國、日本、香港、新加坡、好萊塢等地的特效總監交流，並先後承接《艋舺》《翻滾吧！阿信》《五月天追夢3DNA》《賽德克‧巴萊》《痞子英雄 》 1、2 集等片。「由於每部片的導演各有強項，每次合作都有不同的提升。」
林哲民以《艋舺》為例，「因導演鈕承澤是演員出身，對戲要求很高，我也學到原來演員的戲好不好很重要。」而在《艋舺》的特效技術部分，因曾和《300壯士》的特效總監交流，就片中流血的方式做許多研究。「輕輕割或用砍的、割到動脈或靜脈的流血情況都不同。拍《艋舺》時，創造約4、50種流血的特效模擬給導演參考，這也成為公司的資料庫，之後遇到類似的電影，可以快速執行。」
