而此成績遭人爆料，為減少醫學系女性合格人數，校方竟自2011年起在未告知考生情況下，只要是女性考生一律在第二、第三關扣分，甚至幫男性考生加分，第一關成績則因電腦閱卷無法人工更改。此舉讓女性考生的合格率從原本超過10%，隔年起驟減至4%，此後男性合格率始終高於女性合格率。
與日本全國醫學院的合格率對照，即可見東京醫科大學此舉對女性考生權益的影響有多大！根據日本文部科學省統計，日本全國醫學院考生，男性合格比率為6.6%，女性則為5.9%；而理學院的男女合格比例則相同，皆為11.6%；至於工學院，女性合格率12.2%，甚至略高於男性合格率12%。
此醜聞一出，日本舉國譁然，但東京醫科大學有人士堅稱此舉是「必要之惡」，因女性容易因結婚、生產等考量離職，導致醫院人力人手不足，進而衍生的默契，日本醫界甚至還有「三女抵一男」的說法。
