據台北市政府都發局核發的建照，君蔚樓工程造價僅約2,000萬元，林理事長解釋：「2,000萬元是申請執照的估價，是政府規定的價格，以實務經驗來說，頂多增加為1.3到1.5倍，但是北醫的造價竟然貴了5、6倍，未免也太離譜了！更詭異的是，居然還找了一個花蓮的廠商來蓋，怎麼看都覺得奇怪！」
他另質疑，北醫聲稱為了拓展校務，承租位於台北市基隆路二段富邦大樓一半的樓層做為第二校區，一年租金高達1.2億元，還得自行花錢裝修，結果卻被台北市政府認定樓頂設備違反規定，必須拆除。「花那麼多錢租違建，這些錢是誰同意這樣用的？嫌北醫錢太多嗎？」
對於詐領健保費一事，林理事長也認為北醫難辭其咎。他說：「如果是醫生個人行為，把錢拿來中飽私囊，那當然跟北醫無關。問題是病患繳錢給北醫，北醫是直接轉交給醫生嗎？不是吧！其他錢是誰拿走的？為何是北醫負責收錢？金流一查應該就很清楚了，這都是很過分的事！」
針對校友會及部分醫師的指控，北醫校方表示，當年質子治療機的採購合作方案，均依相關流程辦理，君蔚樓公告造價是依政府的規定計算，但實際工程造價仍需依建築物實際發包施作的工程金額為主，大安校區目前都是合法使用的狀況。
