為解決居家檢疫者淪為人球的現象，台北市率先全國徵用2家「防疫旅館」，卻未公布地點與旅館是哪一家，與先前柯文哲主張「公開透明」而自爆陽明山檢疫所地點的行徑有所出入，被質疑是雙重標準。
柯文哲今（4日）上午受訪表示，防疫旅館是中央的計畫，北市府僅為承辦單位，由於台北資源比較豐富，所以會先做出來、寫SOP。另外，據他所知，目前已有9縣市跟進，這是整個台灣的計畫，他強調：「不是只有我們片面決定，這就真的只好『順時中』了」。
被媒體追問仍會主張是否要公開，柯文哲指出系統要一致，「要嘛就全部公開，要嘛就不要」，現已有9縣市成立防疫旅館，照這速度應該全台灣都會建立，總不能台北市公開，其他不公開，像這種事情，既然要全部一致，就按照中央規定來處理。
柯文哲最後也坦言，其實他是主張從頭到尾公開，如果到現在為止中央的政策是不想那麼透明，那就不要自己搞自己。
