柯文哲曾表示，他跟朱立倫都是1979年進台大唸書，2014年12月，他甫當選台北市長與朱立倫碰面，就曾數度對朱說：「我跟你合作沒問題，容易多了！」朱甚至爆料，他班上的女生跟柯文哲班上男生常聯誼，不知柯有沒有參加，還笑說「他還要面對陳醫師（指柯文哲太太陳佩琪），比較困難回答」。柯則笑回：「我大學時沒有女朋友、也很少出去聯誼。」
2016年總統大選前，柯文哲在北市議會市議員高嘉瑜問：「知不知道現在新北市沒有市長？」柯文哲酸回：「他（朱立倫）1月16日就會回來當了啦！」最後蔡英文當選，柯當時還被網友封為神預測。
去年7月，總統大選打得火熱之際，當時投入國民黨總統初選的朱立倫說，柯文哲若參選2020總統一定是「第3名」，所以國民黨一定要團結，對此，柯則反酸，「這樣喔」「哎唷，那他斷言他第幾名？哈哈哈！」
