柯文哲今赴交通會報前被問到黃芳彥過世一事，表示過去和黃芳彥算是朋友，黃是麻醉科、自己是外科，同為台大醫院同事，「怎麼會不熟？」而由於陳水扁在悼念發文中表示黃是當年對抗SARS的英雄，對此柯文哲則不予置評，並稱黃的事蹟並不在醫界，而是扁家的醫師。
此外，柯文哲對於黃芳彥是在自宅停車場舉槍自盡一事深感吃驚，停頓幾秒後表示兩人已經多年沒有聯絡，只不過如今黃芳彥過世，當年扁案的真相也無人知曉，因此柯文哲也感嘆事情最後應該要有個結案，這樣一來死了就不追溯，等於扁案的事實從此石沉大海，究竟陳水扁是不是清白的，以後也更難處理。
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