但有該公司員工在網路社群PTT上抱怨，表示確診的人員是「公司最操的研發單位」，還稱「完全被當次等公民」。該名員工指出，其他單位的分流至少還有A、B班錯開上班，而且早就公告出來。但研發部門卻敷衍只排「梅花座」，直到禮拜二才分了AB組，且會議還是混合一起開，甚至A、B組間還用三角錐當路障，根本沒有任何功能。
該名員工指出，公司以「避免資安外洩」為由，讓大家無法以遠端形式工作，他明白不同單位工作的型態不同，但生命安全不能採用不同的管理方式，希望公司能善盡管理責任。
南亞科表示，公司以防疫安全及保護員工健康為首要考量，除嚴格遵守政府防疫相關規定外，公司已依部門組織特性，啟動分組分流及居家辦公等營運模式，升級防疫措施，並密切關注疫情變化及政策進行調整。此事件不影響公司整體營運、客戶及合作夥伴。
