如今疫苗陸續到位，總統蔡英文日前表示，要設置網路疫苗施打預約系統，並交由政務委員唐鳳著手規劃。柯文哲今日下午3時30分召開台北市疫情指揮記者會時指出，會依循中央撥給台北市的疫苗量做最有效率的運作，唯一要提醒中央的是，預計於6月中完成的網路預約系統，可能要連夜加工在打疫苗前網站做好。柯文哲解釋，打疫苗還是使用預約系統，避免排隊群聚。
有媒體訊問，台獨運動大老蔡丁貴日前呼籲台灣人參與國產疫苗第三期臨床實驗，卻被揭露已接種兩劑輝瑞疫苗，就有網友翻出柯先前說過「搞台獨的兒子孫子都躲在美國、紐西蘭，就騙子啊」，因此被讚為先知。對此，柯文哲直言，目前疫情緊急這種事情就算了，目前沒有心情打口水戰；他認為疫苗三期試驗還是要進行，強調「專業回歸專業，該怎麼做就怎麼做」，「以前我還說台灣很難做三期」，如今病例數滿多的可以做三期了。
有媒體詢問，美國預計捐700萬劑疫苗給亞洲，台灣分配數量會不會比較少？柯文哲回應，每個國家都有立場，就美國而言就是「中南美洲優先」，而給亞洲700萬劑的疫苗要分給16個國家，則直言「人家有送我們，我們都要說謝謝，能趕快拿來打的趕快打」不過柯也指出不要有不切實際期望，畢竟在這16國家中不乏比台灣人口多的國家，因此強調「拿多少算多少，有多少做多少事」。
此外，有媒體詢問，中央流行疫情指揮中心原先聲稱不會再公布校正回歸個案，卻依舊每日公布，是否有篩檢落差的情況？而這樣是否會影響北市對疫情的判斷？柯文哲說明，目前PCR陽性從檢查到輸入都要經過確認後才宣布，因此過程中就會有時間差，因此北市府今日就有討論如何讓過程更精準快速。柯文哲進一步指出，快篩雖然有偽陽性存在，但快篩陽性後PCR陽性機率約有8呈，若不要斤斤計較數字正確，北市快篩陽性數就可以看出大概的趨勢，「有8成準確度，可以讓我們在時效上比較快」。
