黑道入黨引發民眾對民進黨信任危機，蔡英文以主席身分親自向國人致歉。吳怡農說，當初他參選主委，沒想到要處理黨員結構問題，但發生這件事之後，他除了要落實參選初衷、加強黨與社會的連結，也下定決心要改善黨員結構問題，落實排黑條款，為黨職素質把關。
不過他也知道，市黨部不可能一次解決這些問題，他希望至少從「落實既有規定」開始。為了改善人頭黨員問題，吳怡農上任後做了一件小事，請黨員「據實填寫聯絡方式」。外界可能沒想到這會是一件需要去做的事，但他說「我剛上任時，北市黨部有7成黨員無法電話聯絡上」。
為確認每位入黨者的狀況，他請市黨部同仁在入審會前，先致電申請者問候，「感謝他們來申請入黨」，但就因此發現有些新申請者的戶籍地址雖各自不同，連絡電話卻都是同一支；遇到這樣的情況，黨部就會設法請申請人重新補上連絡電話。
吳怡農認為，掌握黨員電話只是落實改革的第一步，但就僅是踏出這一步，就遇到相當反彈。吳怡農說，曾經有人帶著幾個人到黨部來，很不客氣地對他說「不要打擾我的黨員」、「你在找我們的麻煩」。
吳怡農說，人頭黨員是長期累積的狀況，但黨員是民進黨的黨員，不是某個特定人的黨員。雖然這個結構性問題很難一下子解決，但他會努力推動，除了請新入黨的黨員補齊聯絡資料，他也鼓勵黨員自繳黨費，他跟黨中央合作，更新線上繳費系統得以信用卡線上授權自動扣款，讓黨員更方便線上繳費。
吳怡農說，也許大家不習慣黨部主動打電話關心黨員，但若黨部要如他所想的與黨員、社會建立連結，這工作不可能跳過。他說，黨部雖也有官方LINE，但LINE比較是單向的通知，若真要表達關心，還是實際拿起電話親自問候比較好。例如日前國內疫情嚴峻，三級警戒讓大家都關在家，台北市黨部就一一致電關懷既有黨員，例如開放75歲以上打疫苗時，就打給75歲以上黨員，提醒預約疫苗。
