沒想到，此舉不只沒得到郭的善意回應，還惹來司法追殺，反遭郭進源控告妨害名譽等罪，幸好遇上的法官明察秋毫，發揮偵探柯南精神，詳查整起貸款案的來龍去脈，發現郭進源扮演關鍵角色，不但身兼板農理事長，還以建商代理人身分與黃姓地主簽妥開發合約。
儘管郭進源為了證明合建真有出資，提出一堆資金明細，但法官認為該起貸款案一開始坑騙板農，因為目的就是為了償還黃姓地主的債務而來，包括地主及參與其中的人頭等相關人等全都知情，板農高層對此也知情，加上郭進源根本沒出資，相較一般合建契約，擺明不利於黃姓地主。
法官看不下去，越查越起勁，把原本單純的妨害名譽案當成弊案追查，發現板農放貸過程疑雲重重，在判決中書不但質疑郭進源涉及不法，也認為黃姓地主豎立看板所言內容為自身土地遭到侵占事實，加上有關公共利益，主觀上無誹謗故意，刑事判決地主無罪確定。
除了板農放貸過程傳出弊端，郭進源另遭檢舉遲未向林姓前總幹事強制執行查扣財產，導致農會損失615萬元。10多年前，該名林姓總幹事因違反規定，自行核定向板農領取615萬元績效獎金自肥，遭法院依業務侵占罪判刑2年2月確定，板農提起民事求償獲賠全額損失確定。
按理來講，板農可強制執行查扣林姓總幹事名下財產，加上林姓總幹事在板橋地區不但有房產，還向板農辦理貸款，板農若及時聲請扣押對方財產，即可減少損失，當時板農承辦人一度上簽欲扣財產執行，最後板農卻突然急轉彎改為簽請提理事會報告。
時任理事長郭進源遭舉檢先向法院辦理取得債權憑證，後來召集理事會臨時會議，決議在6個月內暫緩對林姓總幹事名下財產追償執行，6個月後再依法辦理，最後板農才向法院聲請強制執行，半年過後，林姓總幹事名下無財產可執行，郭進源是否因此損及板農利益，檢調也在追查。
