沈政男在臉書上發文表示，建議民眾在接種第三劑疫苗時，要打mRNA疫苗，若年齡不滿30歲就打就打BNT，以免心肌炎；30歲以後可以打莫德納。沈政男更指出，第三劑施打完過了一週就會見效，不必等到兩週。
此外，沈政男說若很憂心Omicron的威脅大，就趕緊去打第三劑，反之，若認為春節檢疫方案「7+7」還是可以擋住，不至於漏進社區，「那也未必急著要打，因為，幾個月以後抗體又會下降。」而第三劑莫德納到時是否會打全劑，沈政男說只要等到更多研究出來的話就會，「第三劑全劑莫德納的抗體一定是最高。」
提到施打新冠疫苗的副作用，沈政男表示「會掉頭髮、心悸什麼的，那跟疫苗沒什麼關係。」至於第二劑新冠疫苗要打什麼廠牌，沈政男建議同樣用年齡做區分，「這已經講過很多次，也就是未滿30歲就打BNT，不然就打莫德納。」
而預防接種諮詢委員會（ACIP）則建議，優先接種mRNA疫苗（如莫德納、BNT）或次單位蛋白質疫苗（如高端），以獲得充足之免疫保護力。不過，中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中也提醒，第三劑不建議mRNA疫苗互混打。例如第一、二劑打莫德納者，第三劑不建議打BNT疫苗；另外，若是前兩劑施打莫德納或BNT等mRNA疫苗，第三劑則不建議混打AZ疫苗。
