遠雄大巨蛋79處主要構造未按核准圖說施作，在2015年遭台北市政府都發局勒令停工。歷經7次都市設計審議、2次環差審查、2次防火避難性能審查及通過防火避難模擬後，北市府在2020年7月核准變更設計，同年8月同意遠雄復工。當時柯文哲表示，要求遠雄針對避難層重新變更設計，否則不會核發使用執照。
遠雄去年8月向建管處申請變更設計，以「地下1層為避難層」為基礎提出防火避難性能審查計畫，9月獲台灣建築中心評定通過，北市府則在11月同意以B1做為避難層，但未獲營建署認可通知書，無法繼續施工。
營建署拒絕為避難層規劃變更背書，更發函北市府質疑為何立場矛盾、前後不一。營建署指出，當年北市前都發局長林洲民認定地面層（1樓）才是避難層，為何北市府如今改為同意認定地下1層是避難層？
據報導，市府幕僚認為相關內容已做出說明，中央還繼續追問根本是刻意刁難，不讓大巨蛋在柯任期內完工剪綵；北市都發局建管處則表示，營建署去年4月已釋疑，認定地下1層也可當避難層，北市府前後態度不一的原因在於遠雄第三次變更設計時發現缺失，因此依照缺失進行改正，調整避難層。
柯文哲今（9日）出席活動時受訪表示，北市府並不是無條件接受把B1當避難層，已經有做一些修正，遠雄已按照建築師公會等專家意見進行修正，才送台灣建築中心審查。
柯強調自己不會把大巨蛋當成政績，他自認是來善後的，目前大巨蛋的設計已經比當年好太多，社會可以公開透明來檢查。被問到是否覺得中央刁難刻意卡關，柯文哲火氣頗大直說「大家心裡有數」，還批內政部要卡他們也不是只有這一件「大灣北段拖多久了？」呼籲該審的趕快審一審，不要表現出一副「上面的交代不要給你過」的態度。
對柯文哲的說法，營建署副署長陳繼鳴也回應表示，安全議題比剪綵重要，他們認為北市府前後都是基於建築師的簽證內容進行審認判斷，但結果卻昨是今非，市府有必要就其改變緣由與論點加以說明，而非僅推說依據營建署函及尊重建築師簽證結果模糊帶過。
