《那些得不到保護的人》原訂2020年4月開鏡拍到5月，卻遇上新冠肺炎疫情爆發，日本政府宣布緊急事態宣言，拍攝也被迫延期。瀨瀨回想起當時的狀況，無奈表示：「我們其實已經進行了開鏡拜拜儀式，結果馬上就遇上緊急事態宣言，還沒拍就延期，後來到6月20日才復工。」
因當時是疫情剛開始，影視圈都還在摸索該如何在安全狀況下進行拍攝。瀨瀨說：「大概5月左右，我們開始討論要重新開拍的事宜，拍攝的規劃也得重新調整，還得刪減劇本。其實演員都已經定裝，但因突然停拍，演員行程無法配合，花了點時間來重新調整大家可以配合的時間，以及能夠配合的拍攝地點等細節。」6月下旬復工後，《那些》在7月23日正式殺青，而佐藤健和阿部寬的精彩追擊戰就是在殺青前完成拍攝。
大雨為這場追擊戰增添了戲劇性和張力，不過瀨瀨透露：「本來根本沒有想在雨中拍攝，但因為那場戲是快殺青前拍的，拍攝當天下起雨，等了3小時左右，也沒有要變小的趨勢，根本好像不會停的感覺。我看了一下工作人員的表情，他們就是一臉『反正不會停了你就拍吧』的表情，散發出好像不拍不行的氛圍，真相其實是這樣啦。」
佐藤健和阿部寬在雨中來回奔跑多次，全身溼透，拍到攝影助理提醒「再這樣下去攝影機會壞掉」才罷休。這場戲前後耗費兩天拍攝，空拍場面因在雨中無法進行，另外擇日補拍後再利用後製剪接，才完成了觀眾所看到的精彩場面。
