爆料指出，張善政在2007年到2009年以計畫主持人身分，向農委會申請3年研究計畫，總經費達5,736萬元，但研究報告抄襲情況嚴重，包括抄襲《商業周刊》的內容，就連驚嘆號、插標也照抄，還將中國期刊文章直接抄進去，甚至直接翻譯香港網站文章，利用「簡體翻繁體」直譯，出現許多非台灣用字，且並未註明出處。
張善政昨發出千字文自清，將相關指控斥為選舉抹黑，稱該研究案的目標是向台灣農業研究單位介紹國外農業電子化新知，「所以當然會翻譯、引用各種文獻及資料來源來介紹給農委會參考，這絕非抄襲。」強調對該計畫研究成果有信心，呼籲相關單位秉公辦理，該怎麼處理就怎麼處理。
針對張善政的研究報告爭議，農委會已責成發包計畫的農委會科技處組成調查小組來釐清相關事項。
科技處長王仕賢表示，科技處之前就有擬訂相關SOP，依照計畫審查程序，將對外界提出的質疑進行初審調查。目前已在盤點資訊，帶資料盤點好就會成立調查小組進行初審調查，若在初審就有疑義，會請當事人來說明。初審通過後，複審將請相關領域專家學者針對疑點處來檢視。
王仕賢指出，這份計劃是智庫類的工作，內容包含宣導和座談等，但若有抄襲的疑義業務單位就要協助釐清。當初簽約對象是宏碁公司，而張善政是代表人，因此會依照科技計畫管理的行政程序來進行。王仕賢說，智庫計畫確實要蒐集許多原文資料，但仍有規定要將資料來源標示清楚，會就計畫屬性請專家來判斷釐清相關疑點。
王仕賢透露，過去曾有執行中的案子被發現抄襲，當時立刻停止執行並追回款項，而這是第一次有已結案的計畫疑似抄襲，將會依照程序先蒐集疑似抄襲的資料，再送交初審判定是否有未依規定引用或違反智慧財產權的內容，不排除會約談張善政等研究團隊成員。
