至於幫吳女找昔日清大指導教授，讓她唸清大博士班一事，賴智明說，是吳女自己先通過清大考試，在選指導教授時，他只是向昔日恩師介紹這位小朋友很優秀，老師若還有指導員額，會自行考量決定是否收她這名學生。強調錄取某人是清大系所整體考量的決定，加上自己又向昔日老師推薦，所以老師當然會收她。
至於要學生退返部分助理費，賴智明認為這些錢全給學生，沒有半毛錢放到自己口袋，且學生也不允許做這件事，不可能發生有學生從自己帳戶轉錢給他的事情發生。
賴智明強調，這件爆料很明顯有人要設計他，這個橋段從幾年前演到現在，也上過臉書「靠北長官」，他知道是誰想設計害他，因為涉及1個上校職缺問題，爆料人認為我擋他升上校，但其實我沒那個本事。至於要求女生上課坐前排，根本沒這回事，不知這指控意義何在？擺明影射他好女色，若有早被me too了。
賴智明說，一般授課成績無法作假，完全公正，全攤在陽光下公布的。公布完確定沒問題才上傳出去。自己指導的學生有人沒如期畢業，那都是有原因的，如論文計劃書沒交、口試沒報告等，加上他教授的課程本來就較難，學生選老師前本來就該想清楚。
雖然賴智明聲稱2年前已離婚，不過，根據投訴人提供的身分證資料，賴至少在去年8月時，仍然是已婚身分，與賴的說法不符。
