林昭亮早前遭一名女音樂家控訴性騷擾，其性騷行徑包含偷抓屁股、意圖強吻及強拉陪過夜等。隨後，林昭亮透過律師發表聲明澄清，並喊話若再有任何不實指述，定當以法律維護其名譽及權益。事隔3日，第二名女音樂家也發聲指控曾被林昭亮性騷擾，林昭亮手比形狀問她罩杯大小、更動手按壓其小腿、撫摸其背部、躺其大腿並撫摸等。第二名受害者發聲後，林昭亮便未再回應。
由於林昭亮自2019年創辦「台北大師星秀音樂節」，並擔任藝術總監，今年音樂節活動將於8月展開，並進行售票演出，其性騷爭議爆發後，音樂節形象連帶受影響。
日前台北大師星秀音樂節發布聲明，宣布撤換林昭亮藝術總監一職，改由指揮家史拉特金（Leonard Slatkin）出任藝術總監，聲明中表示，「期待在其領導下，音樂節可以開啟另一個新氣象」，強調「台北大師星秀音樂節的初衷，在於傳承」，但對林昭亮的性騷爭議隻字未提，也未對受害者道歉。
另外，根據財政部稅務入口網公開資訊，「台北大師星秀音樂節」負責人姓名為何瑞燕，就是林昭亮的醫師妻子。林昭亮過去以愛妻形象為名，更曾有表演藝術雜誌以「琴聲註定了醫生的牽手」報導這對小提琴家與醫師的故事，如今看來相當諷刺。
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