蔡秋蘭先後擔任台南縣議員與縣市合併後的台南市議員共7屆，起先為無黨籍，後加入民進黨，一度因為在議長投票遭質疑跑票而報請開除，2020年恢復黨籍。
近日蔡秋蘭被檢舉，涉嫌在縣市合併後第一屆台南市議員期間，透過親友當人頭，詐領助理費高達數百萬元。台南地檢署14日搜索其研究室、服務處、住家等6個地點，帶回包含蔡秋蘭在內等4名被告、5名證人進行偵訊。
檢方漏夜複訊，蔡秋蘭今凌晨以50萬元交保，另2名黃姓被告10萬元交保、程姓被告5萬元交保，5名證人則請回。針對藍營質疑這起案件是綠營內部派系鬥爭，與前議長郭信良的案子有關，檢方則否認此一說法。
