我國駐巴西聖保羅辦事處組長王之化墜樓一案掀起包括職場霸凌、帳款不明等爭議，其中矛頭更對準處長馮光中。對於種種疑點，外交部也曾派員前往巴西調查。而馮光中涉貪一案，經調查後，讓他以10萬元交保，不過今應曉薇則對此表示，她感謝檢調，但隨後質疑外交部：「部長，你是不是也應該有點表示呢？」批外交部不要再以偵查不公開為由不說明，也質疑馮光中涉貪交保，但外交部到現在連公開新聞稿都沒有，甚至馮光中至今仍在職。
應曉薇也稱，過去到現在她開了無數次記者會，但外交部卻依舊「我行我素」，一直說毋枉毋縱，但到馮光中交保，卻好像只要媒體沒發現就偷偷摸摸，要求外交部24小時內給答案。
對於應曉薇的指控，外交部今則給出3點回應，外交部表示，針對應曉薇指控「我行我素、不對外說明、連對外新聞稿都沒有」，他們表達嚴正抗議並說明，案件已進入司法偵查階段，在不影響偵查及不違反偵查不公開的原則下，本於毋枉毋縱的立場，全力協助配合司法機關的偵辦工作，不應被惡意扭曲及抹黑。
此外，應曉薇質疑該案於4月18日向檢調提告偵查真相，不過外交部在知悉後卻仍在4月20日左右派政風調查團赴聖保羅進行行政調查，對此外交部抗議稱「意圖影射外交部擾亂檢調過程的說法」不能接受。
外交部澄清，當初他們為了釐清事情原委組成專案調查小組前往巴西聖保羅實地調查，並且調查期間與台北地檢署承辦檢察官都有保持密切聯繫，檢察官也知悉外交部前往進行相關行政調查事宜，並且外交部在今年5月24日將調查結果提供給檢方，所有政調查作為，絕無違反政風機構執行行政調查作業要點第17點規定。
最後，外交部也聲明，對前駐巴西聖保羅辦事處王組長逝世的哀悼與不捨，但同時也籲請外界理性尊重司法檢調的相關偵辦作業與程序。
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