導演李昭樺坦言，原作Pony筆下的故事風格各異，例如驚悚懸疑的〈造物獄〉、天馬行空的〈星際救援〉等，都像是不同人創作出來的。對李昭樺而言，處理特效場景並不難，難的是統整各單元的視覺風格。為此他先製作試播集，再依據成果調整接下來的拍攝方向，成為《黑盒子》短片版的由來。
李昭樺說：「有時候我們拍戲，尤其是拍劇集，沒有那麼多時間去精雕細琢每個機位，只要把故事說好就好了。但是《黑盒子》短片給我最大的啟發是，我必須用不同的鏡頭語言去表現每個故事，才能呈現出各自的風味。」
做完試播集後，李昭樺決定為每個單元設計專屬的拍攝方式。每當新單元開拍，就召集攝影組並制定詳細規則，限制運鏡的軸線、移動速度以及前景使用的規範，讓每個故事均有獨特的風貌。
身為資深特效導演，李昭樺在提高拍攝效率、控制預算及解決複雜技術方面具有優勢，並且把處理特效鏡頭的習慣應用在這部作品。他會事先規劃場景分鏡，精準計算每場戲需要的調度和鏡頭。由於經費有限而特效複雜，只要機器擺下去，拍攝的畫面就一定要用到，最後有96%的拍攝鏡頭都剪輯至影片中，採用率極高，事前縝密的規劃讓劇組進度超前，比預計提前六天殺青。
挑戰最大的單元是〈豬人〉，李昭樺透露，在影集《冰與火之歌：權力遊戲》訓練狼群的馴獸師曾告訴他，所有動物都可因食物誘導接受訓練，唯獨肉豬出生就被餵食，所以食物對牠沒有吸引力，因此無法訓練。為此李昭樺一度考慮採用可以被訓練的寵物豬。不過他認為，原作之所以予人揪心的獵奇感，在於肉豬與人的膚色較接近，採用寵物豬會失去原作意義，因此仍決定挑戰肉豬。
為此劇組結合真實的豬、製作機器豬和CG特效，三者搭配才完成，甚至也做了一對豬蹄供特效使用。即便如此，拍攝過程仍很困難，最難的一場戲是要豬隻快速衝向小孩，但豬隻不受控，劇組等候3小時幾近放棄， 牠才突然跑起來，攝影師見狀趕緊開機捕捉畫面。
