法醫進一步相驗後，判定幼童是遭勒斃，由於遺體外觀已嚴重毀損，無法用肉眼辨識，在當年DNA鑑識尚未普及的年代，警方只能以年齡、體型等間接證據交叉比對，並請男童父母指認遺體上的衣物，最後確認遺體就是鄭姓男童。
男童的遺體被發現後，案件也從失蹤、擄人，正式轉為殺人案，警方整合前期蒐集的證據，包括證人的描述、詭異電話的通聯紀錄、裝屍體的皮箱與王邦鏞車上的皮箱是同一款，逐步拼湊出事件全貌。
檢警認定，王邦鏞同年9月21日將男童從托兒所帶走藏匿，之後因警方介入調查，讓王感到壓力，所以假冒綁匪打電話給男童父母、播放求救錄音，為了避免事跡敗露，9月25日凌晨，王先用鈍器重擊男童頭部，再將他勒斃，之後焚屍、裹上泥巴、裝進皮箱，最後丟棄在高速公路旁的草叢。
至於王邦鏞為什麼犯下令人髮指的男童命案？疑似跟他的戀童癖有關。檢警調查發現，鄭姓夫妻為了就近照顧，經常把年幼的兒子帶到工廠上班，某次公司旅遊到小琉球，夫妻倆也帶著兒子參加，身為董事長的王很喜歡男童，二人互動十分頻繁，旅遊結束後，王對男童更加關注，不僅經常主動接近、買玩具給他，還常帶男童外出、遊玩，並要求男童稱呼他「爸爸」，甚至偶爾帶男童回家過夜。
隨著接觸次數增加，鄭姓夫妻逐漸察覺異常，因男童與王邦鏞外出後返家，身上總會出現不明痕跡，其他員工也說，常看到王在工廠內親吻男童，已經超過一般大人疼愛小孩子的界線，更讓夫妻倆不安的是，王對男童還產生依賴感，他曾在深夜前往鄭家，並且告訴夫妻倆：「沒有男童陪伴，無法入睡！」
