雖然如此，但王邦鏞畢竟是公司的董事長，鄭姓夫妻不敢得罪他，又怕兒子會出狀況，最後決定把兒子送到嘉義縣民雄鄉，讓外公照顧，試圖拉開距離。沒想到王得知後，曾前往男童的外公家找人，讓夫妻倆非常困擾，後來他們將孩子改送往托兒所，不久便發生男童失蹤事件。
針對男童失蹤死亡案，檢方依殺人等罪起訴王邦鏞，嘉義地方法院審理後，認定證據鏈完整，判王無期徒刑，不過，案件進入二審之後，卻出現重大轉折，原本對王不利的證人，特別是公司員工，突然陸續翻供，否認曾目睹王對男童有不當行為，王還補充案發當天的行程、交代細節，並請證人作證，強調自己有不在場證明，二審法院因此改判王無罪，當庭釋放。
對於這樣的結果，檢方無法接受，上訴三審，最高法院認為二審對證據的取捨有疑義，發回高分院重審，案件此後歷經更一審至更七審，高分院多次判處王邦鏞無期徒刑，最高法院又以通聯與勒贖電話錄音秒數不符等理由發回重審，導致案件纏訟超過20年仍無法定讞。期間王未再被收押，在外自由生活，鄭姓夫妻長期承受司法煎熬，最後決定接受王的和解條件。
達成和解後，高分院更八審依殺人等罪改判王邦鏞15年6個月有期徒刑。判決指出，王惡性重大，本不宜輕縱，但考量其犯行是出於對男童的錯愛，加上已透過家人賠償鄭姓夫妻380萬元，彌補二人喪子之痛，二人也選擇放下，表明不再追究，因此從輕發落。最高法院審理後，同意相關見解，全案終於在案發22年後、2013年7月定讞，正式畫下句點。
