2023年，陳同孝參選台中科大校長並順利當選，不過，他在競選期間所簽署的「校長參選人在大陸地區從事交流活動及兼職情形聲明書」，須在「有無受推薦涉及中國各項國家基金及國家重點研發計畫」欄目中，真實揭露接受中國學術補助的情形，但陳卻未揭露。Ａ先生認為，陳擔任行政職已久，無暇進行研究，為求順利升遷，才會以不正當手段提升學術地位。
此外，陳同孝還涉及一稿二投，違反學術倫理。學者B小姐指出，2013年，陳用2個研究計畫分別向台灣國科會、中國國家科學基金申請到補助，但2案的研究成果幾乎一樣。
B小姐說，2篇論文雷同度超過9成，實驗結果、公式與圖表也幾乎一致，陳同孝先在當年3月，將國科會計畫案作為研討會論文，12月再投稿中國期刊。雖然學術界對研討會論文轉投期刊，各有支持、反對意見，但即便是經審查、收錄至資料庫的研討會論文，要轉投稿期刊，也須大幅度延伸、註明或引用，再發表在研討會論文集中，才符合規範。
而更誇張的是，陳同孝身為台灣國立大學的教授、行政主管，竟然多次接受中國廣州、廈門、福建的科研基金資助，而且他發表在國際期刊上的文章，國籍皆寫成Taiwan China，至於發表在中國期刊上的文章，則自稱安徽霍邱人。B小姐痛批，陳染紅、自我矮化國格，令人不齒！
