變電所對一般居民而言是嫌惡設施，台北市政府主張地下型，主要是為了維護園區景觀、土地利用價值，台電選地上型則是擔心淹水且工程難度高、工期還要長達9年，成本當然也差很多。
台電表示，在2025年5月19日輝達宣布要在北士科設置海外總部時，26日即函請台北市政府協助提供變電所用地，以推動文林變電所及相關電網設施興建。
在黃仁勳早上向台北市長蔣萬安喊話「需要更多的電！」後，台電與台北市政府下午召開協調會，雙方達成共識，改採「部分地下化方案」。
台電表示，考量基地緊鄰河堤、地下水位高及地質條件，基於供電安全及供電時程，台電提出「變壓器地下型變電所」規劃，改採僅開挖地下1層設置變壓器方案，其餘設備設置於地面層，工期約6到7年，兼顧供電穩定、工程安全及建設時程，並將同步推動臨時變電所建置，在取得施工許可後，20個月可完工。
台北市政府產業局表示，感謝台電願意做出調整，目前短期內會以仙渡及百齡變電站跨區支援，臨時變電所能於20個月內完成，提供包含輝達與園區內其餘科專用地的廠商充裕電力。長期的永久變電所採取「變壓器地下型」方案，符合都市計畫原則，也避免地上型可能造成周遭校園電磁波干擾等疑慮。
經濟部表示，電力建設關乎台灣產業發展，需要各界攜手支持，台北市政府吸取松湖變電所的前車之鑒，從善如流、積極調整原有的「9年全地下化方案」，雖然不是台電的「5年方案」，但最後採取台電所提「部分地下化方案」，工期縮為6至7年，實為產業及國家之幸。
