不過，黃瓊瑩的說法遭下屬打槍。吹哨者Ａ先生說：「館長表面風光，私下卻涉及濫權，為特定評選委員、廠商、受補助單位的負責人開後門，甚至量身打造標案，這些人名義上是專家學者，實則是館長濫用公帑的獲利者。」
Ａ先生出示資料指控，黃瓊瑩2020年到任後，請來與她友好的陳姓、許姓及呂姓劇場負責人，擔任採購案與補助案的評選委員，參與各種無會議紀錄的「諮詢會議」，長期領取高額出席費及交通、住宿補貼，累計達數10萬元。
更離譜的是，2020年9月，黃瓊瑩主持「兒童、青少年劇場發展諮詢會議」，找來陳、許、呂等人討論施政規劃與預算，隔天呂的劇團就取得90萬元的「青少年戲劇藝術育成計畫」標案。Ａ先生說，這種做法涉嫌違反《政府採購法》的保密義務，甚至觸犯《刑法》的洩密罪。
此外，黃瓊瑩還透過自行簽核、未依法修正的「補助作業要點」，將70萬元補助款給呂的劇場計畫，而該案的評審委員毫不意外是陳與許，且名單未依法公告，還疑似同時領取國家文化藝術基金會贊助，有重複請領之嫌。
此外，2023年，美學館透過未經合法程序公告的「演藝團隊進駐要點」，與呂的劇團簽訂長達3年合約，供其無償使用館舍空間，還讓劇團得以在國家級場館辦理商業收費活動。例如2024年舉辦的兒童劇公演，每人收費500元，收入全數由劇團支配，而且活動設計還被重複用於台灣歷史博物館的計畫之中，等於兩頭賺。
