台大法學院教授林鈺雄今質疑，廢死與否等相關的問題，一直是導致我國司法裡外不是人的死結，這次司改國是會議從人民的意見中選出的檢察官定位、訴訟費用打折、人民參審等96個司改議題中，卻完全避談死刑與食安問題，備受黑箱、綁人及綁議題的批評。
林鈺雄質疑，司改國是籌委會到目前為止，對於死刑與食安問題為何沒由籌委會選入96項議題中並無說明，他希望籌委會公開議題篩選的資料及標準，否則司改國是會將因一直被質疑正當性、黑箱而無法服人，他認為，司改國是會會議事規則、公告資料和官方說法，全兜不起來，基至自相矛盾，這種連自身遊戲規則都莫衷一是的司改大戲，要怎麼演下去？他質疑，那些疾呼反廢死、廢死及要求強化食安追訴的人，難道都不是官方認證的人民？
對此，籌委會副召集人瞿海源認為，依據會議章程，議題增刪要由分組討論會通過後提到籌委會決議，但林鈺雄並沒有在分組委員會中要求增列食安與死刑議題，瞿海源也強調，司改議題很多，遺漏再所難免，若有一些重要的司改議題在這次國是會議沒有提到，因這次國是會議已經超載，每一組都已將加開會議，以後可以請總統府或相關單位再召集特別會議討論，瞿海源指出，關於死刑的問題，可由法務部出面開會討論。
司改國是會籌委會副執行祕書林峯正則回應，司改96項議題已經公布了，目前分組討論也已在進行中，程序已經走過去了！記者追問是否此次會議就不再討論死刑及食安，他則說：「可以談啊，媒體可以談。」至於如何從人民關心的司改議題中選出96項列入討論，林峯正強調，是由籌委會將對司改最有幫助的議題列入，籌委會自有判斷。
