本刊接獲投訴指出，施明哲的彭姓妻子雖然是在中研院院士李文雄研究室擔任助理，但其實只是聘用和給薪由李文雄院士負責，真正工作地點都在祕書長施明哲的實驗室內，利用法規上的巧門規避三等親以內親屬不得在同單位的規定。經查證，中研院得知此事後，已經讓彭姓女助理在3月22日離職。
據了解，中研院院長廖俊智得知後相當生氣，並認為一級主管這樣做給外界不佳的觀感，要求主管必需做好迴避，也立即清查中研院內一級主管確認沒有類似狀況。
中研院祕書長施明哲受訪時坦言「這都是我的錯！雖然沒有違反法規，但看起來不太好，妻子已經立即辦理離職手續。」施明哲說明，妻子一直都專心從事實驗工作，過去在美國愛荷華大學時也是他的研究伙伴，在美國只要經同意，配偶就能任職同一單位，回國時發現台灣法規不允許三等親內在同一單位，因此由李文雄聘為助理，而施、李的實驗室合作密切，才會發生妻子出現在施明哲實驗室的狀況。
施明哲強調，妻子沒有領雙薪，編制是臨時約聘僱，只是專心做研究而已，絕對沒有偷國家任何一毛錢。
中研院則表示，施明哲妻子是生物多樣性中心特聘研究員李文雄的約聘助理，進用、給薪與升遷考核都是由李文雄實驗室負責，自2009年以來均擔任約聘助理一職，沒有升等情事，因為施明哲實驗室多年來與李文雄實驗室在基因體學與植物的分子生物領域有合作關係，依照彭姓助理的專長派駐在施明哲農生中心實驗室內，但避免外界疑慮，彭女士已經辦理離職。
中研院研究人員私下表示，配偶是研究伙伴在美國很常見，但在台灣因為中研院一級主管屬於公務員的範疇，理應迴避，這次雖然沒有違規，但也給外界不好的觀感，建議院內還是必需做檢討，確認是否有類似狀況。
