台北市立動物園頻頻出包，年年都讓市政府負債，而外界產生質疑聲浪時，動物園總是擺出一副「我最專業」的姿態回擊，認為外面的人不懂。以「動物認養專戶」一案為例，財政局認定動物園和得標廠商間存在著業務監督關係，動物園應主動利益迴避，不得收受來自廠商的捐款，但動物園發言人曹先紹卻回應：「市府官員不懂來龍去脈，才說不能收」，完全將財政局長的話當成耳邊風，強調會繼續收錢。
此外，「動物認養專戶」的金錢流向也讓人詬病，由於動物園開放外借學術單位和園方自行提案，花用認養專戶內的經費，但光是動物園的自提案就占了全部提案的五成，且經費的6成都花在人事費用上，用於動物福祉僅占一成，難免讓人對動物園有自肥疑慮。
相較於台北市立動物園的做法，國立屏東科技大學的「保育類野生動物收容中心」也有動物認養的項目，而屏科大將8成的經費用於動物福祉上，人事費用的支出僅佔1成多，相較之下哪邊才是真正照護動物，似乎不言可喻。
