依據木柵動物園的年度預算書，目前園內的經費來源除了政府的預算補助外，還有販售門票、委外經營的販賣站租金（權利金）收入，及由來自各界的愛心捐款所成立的「動物認養專戶」問題最為人詬病。
本刊調查「動物認養專戶」自2003年開始運作，其收入來源包括賣站回饋、企業捐贈、個人認養、贊助以及專案認養，近3年平均約有700萬元至1,400萬元不等，即使有年年下降的趨勢，但「賣站回饋」的金額卻高達7成比例。
1位園區內的販賣站廠商阿雄向本刊投訴：「我沒想到要投標販賣站的經營權，除了該付的租金、權利金等等之外，還有莫名其妙的『回饋金』，還說是捐款，根本就是不樂之捐。」
阿雄氣憤地說：「園區內的6個販賣站都開放給廠商投標經營，而園方卻在標案內容中動手腳，要求廠商自填『回饋比率』，回饋金額越高者就能得到標案，而6家廠商1年回饋約1,000萬元左右的金額，就像園方的小金庫，竟有7成都被挪用至『動物園認養專戶』，做為『動物認養保育計畫』的經費。」
本刊取得一份「台北市立動物園大熊貓販賣站公用房地提供使用案」文件，確實發現在「動物認養」的欄目上，園方要求廠商自行填寫每月所要捐獻的營業額百分比，但在「附註」一欄卻規定「至少月未稅售額4.03 %」，許多廠商為了成本考量都僅多填了一點，只為求能得標。
園方除了違法向廠商要捐款外，經費的使用上更是問題重重，因為只要有學校、團體或學者提案，經園方審查通過，就能獲得園方用專戶裡的錢補助，而這些提案有一半都是園方自提，且自審通過，最扯的是，補助款的六成都花在人事費用上，要不令人懷疑是自肥也很難。
依「公益勸募條例」規定，政府機關可以基於「公益目的」，接受所屬人員與外界主動捐贈的款項，且依據「台北市政府所屬各機關學校捐款收支要點」規定，木柵動物園身為業務機關，對捐款者有「業務監督關係」，明定不得接受廠商的捐款，因此園方已明顯違法，即使經費再短絀園方也不該「挾標案令廠商」，以捐助的金額作為廠商得標的標準。
