後來彭南雄調職，不久蘇炳坤被捕。入獄期間，「彭南雄來監獄看我，送我一盒好大顆的蘋果，還寄5,000元給我。」蘇炳坤又透露，彭南雄為他聲請再審時，「聽說還被地檢署裡面的人當面批評。」那些年，檢方共為蘇炳坤提出4次再審、4次非常上訴，全遭駁回。
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【鏡相人間】總統還我清白 蘇炳坤的故事之二
司法圈傳言，最初刻意不執行蘇炳坤入獄服刑的是知名檢察官高新武。蘇炳坤則說，新竹地檢署主任檢察官彭南雄也一路掩護他，例如某天一名員警醉醺醺敲門查戶口，蘇炳坤急忙逃走，打電話向彭南雄求救，彭一通電話打到警察局長辦公室：「你們沒有人可以抓了嗎？我就跟你們講好了，為什麼一定要抓他？」司法體系的荒謬，莫過如此。
他坐牢2年多，期間因視網膜剝離，2度保外就醫，得以暫時返家。整個家早已變了樣子，「可以說一夜之間家破人散，本來家庭美滿，（案發）那時我大兒子國小畢業，小女兒4歲。」而今工廠早已沒了，蘇太太從老闆娘變成電子工廠女工，4個小孩一路半工半讀。
第2次保外就醫期間，「我有跟我太太講，萬一要再進去關，我可能會死掉（自殺），我不可能再進去關！」蘇炳坤說。
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