王純娟認為，吳茂昆在東華大學校長任內，假藉職權，連續3年詐領該校「講座獎助金」「特殊優秀人才彈性薪資」款項，總計804萬元。
王純娟指出，吳茂昆於2012年1月19日就任東華大學校長，依《公務員服務法》第14條第1項「不得兼任他項公職或業務」，以及《行政院限制所屬公務人員借調及兼職要點》第7點「各機關公務人員不得兼任公私立學校專任教職員」之規定，吳無論學術地位是否崇高，依法就是不得另具東華大學「專任教師」身分，更不得支領任何專任教師薪給。
王純娟痛批，吳茂昆為圖私利，竟違反前述法令規定，於2011年12月經東華大學聘為講座教授與物理系專任教授，但聘期其實是從校長就任後的2012年1月起，為期3年。換句話說，吳茂昆就任東華大學校長在先，講座教授在後，並非行政院發言人所說的「就任校長前」即取得講座教授獎助金。
王純娟也批評，吳茂昆就任後，假藉校長職權，擔任學術獎助評審委員會主席及任命其他審議委員之機會，主動提案申請再獲核發「特殊優秀人才彈性薪資」，連同「講座獎助金」，所有薪資合計每月近40萬元。
王純娟說，1個有60%工作日請假外在的校長，要領年薪近500萬元？且其兼任行為及兼任所得均未經主管機關教育部核准。在監察院調查後，遭教育部追回金額較少之「講座」部分的兼任薪資176萬餘元。吳茂昆雖自稱誤會，但她認為是明知故犯的非法詐領！
