觀塘案自去年5月9日、中油向環保署提出環境影響評估差異案開始，紛紛擾擾超過1年之久，今年7月3日，環保署專案小組審查，以開發案恐破壞大潭藻礁，決定退回目的事業主管機關送環評大會確認；但中油8月27日向環保署提出申覆，提出對藻礁生態棲地的迴避替代修正方案，開發面積並再縮減14公頃，盼爭取環評大會翻案。
隔日（8月28日），賴揆在媒體專訪上表示，「三接站沒辦法換地點，將秉持縮小開發面積、迴避藻礁2大策略，力拚9月底環評過關。」此言一出被解讀，行政院有意迅速清理觀塘案戰場，但同步卻也引發爭議，環團直批行政院對此案已有定見，果然引發後續環評大會審查過程的爭議。
9月12日，環保署召開環評大會審查，會議在多名委員抗議下流會，但內閣知情人士透露，當天主持會議的是詹順貴，在會議流會後，當天詹是先口頭向李應元辭職，但遭李應元退回、慰留，但詹隔天仍把書面辭呈送入行政院，另也向總統府表明辭意。
不過，內閣知情人士透露，外界不知道的是，當天環評大會，因在外有行程的李應元原本打算待行程結束後，再趕回會議現場；未料，人還未回到環保署，就接到環評大會流會的消息，讓李相當錯愕。對於紛擾多時的觀塘案又再次流會，李應元儘管退了詹順貴的辭呈，但李隨後在當天下午趕赴行政院報告觀塘案的進度，同時，也因未能掌握會議進度，親自向賴揆遞出辭呈，最後被賴揆慰留，賴要他留下來繼續完成任務。
而自蔡政府上台、李應元掌環保署後，李尊重熟稔環評制度的詹順貴，因此環評大會慣例上都交由詹順貴主持。但經過觀塘案912的流會事件後，後續幾次的環評大會，因詹順貴請假、缺席，李應元便決定親自上陣主持。知情人士透露，直到10月8日詹順貴在臉書貼出辭職聲明的前幾天，李應元都嘗試聯絡詹順貴想要慰留，但詹未回應，最後政院只好「勉予同意」、准了詹的辭呈。
