本刊調查，邱皙穎除了與張姓台商有債務糾紛，之前也因工程爭議，鬧上新聞版面。2012年，邱曾介入桃園機場捷運A7站的土地整合案，並收下建商1,240萬元報酬，但事後卻破局。
建商指控，邱皙穎聲稱已獲地主授權，還強調自己是邱創煥的兒子，透過其人脈及政商關係，一定能成功整合。直到2016年，桃園市政府發出新聞稿，建商才知道市府早已完成抽籤及配地作業，根本無法整合，驚覺上當。
事後邱等人同意退還全額報酬，但只還了50萬元就沒下文，建商不滿，一狀告上法院，法官審理後，前年中旬判邱須還建商1,190萬元餘款。
此外，邱皙穎的工程爭議也不少。台灣佛教四大法脈之一的基隆靈泉禪寺，為了興建老人活動中心，2013年與邱簽定契約，最後也無疾而終，針對此案，高等法院在2017年判邱必須給付靈泉禪寺181萬元。
邱皙穎的父親邱創煥曾任內政部長、行政院副院長、台灣省主席、考試院長等政府要職，不過，邱皙穎在1996年接受財經媒體專訪時強調，他寧可憑實力創業，還表示：「成就不是來自一個叫邱創煥的爸爸！」如今，這些話聽在邱的債權人耳裡，顯得格外諷刺。
