屏北高中爆出爭議後向教育部澄清，宿舍檢查並非全面性的搜查，僅檢查了男女各5間寢室，另外搜查過程也有1至2名的學生代表陪同，並非外界所說未有第三方陪同。而教育部也回應稱往後會輔導學校依循民主程序制訂規章，期望落實《聯合國兒童權利公約》的精神，不過未明言屏北高中是否違規。
對此，青民協昨再度發文譴責教育部避重就輕，指其「縱容屏北高中教官違法搜查的行為」。青民協認為，《學校訂定教師輔導與管教學生辦法注意事項》中明訂校方需有「合理懷疑」，才可搜查學生私人物品，然教官搜查的10間宿舍共30人中，僅1名男學生有被查出違禁品，明顯不達符合懷疑標準的程度。
此外，法規中的第三方條文是「應有學校家長會代表或第三人陪同」，究竟學生代表到底算不算第三方，又或者是被搜查的相對方，仍具討論爭議。且據稱在教官搜查當下就有學生代表提出抗議，但教官僅以「各校皆如此」帶過，這也令青民協懷疑：「學生代表在搜查現場，若只能當橡皮圖章，幫學校的搜查行為進行背書，這樣學生代表存在的意義究竟為何？」
因此，青民協也表示，昨教育部針對屏北搜查宿舍的回應，不僅未檢討行政程序，也無視其違法作為，公部門如此恐怕會造成其他學校對於搜查學生個人物品更有恃無恐。若接下來教育部仍未有任何動作，則青民協將會對監察院國家人權委員會舉發教育部違法包庇、身為教育機關明顯失職。
