有合作業者指控Uber Eats「款項未入帳」，據《TVBS》報導，受影響店家怨聲連連，一間連鎖飲料品牌，光單一間店1個月，就卡了超過10萬塊金流；另一家店家，小本經營卻被拖欠款項，導致無現金流，沒錢進貨、支付員工薪水，詢問平台也只有客服的罐頭制式回復。
Uber Eats遭不少店家指控，2月期間有款項遭到拖欠，至3月都尚未入帳，導致無法順利發薪水，擔心業者是否營運出狀況。對此，Uber Eats表示，經了解是因部分匯款資訊錯誤或不完整，而延誤正常付款時程，解釋會有該問題發生，主要是2月轉為境內公司後，銀行端提供的匯款資訊、作業方式不同，才會導致款項無法順利入帳。
Uber Eats直指每月會固定時間付款，若遇到突發狀況，問題解決後店家會陸續收到款項，並強調其情況為境內公司過渡期，會儘速幫忙合作餐廳解決，協助儘快排除障礙，與消費者質疑的營運出狀況無關 。
