促轉會透過政治檔案增進社會對黑名單運作的了解，發現威權統治時期，國家機器透過不同機關，例如國安局、外交部、駐外使館、各地僑社與駐外情治人員等，針對特定本國或外國人進行監控，例如當時被列名為「叛亂份子」的當事人，不但學成無法歸國，親人逝世無法返台奔喪，即使入境也遭情治單位嚴密監控。
促轉會五月完成任務總結報告後將依法解散，根據行政院規劃，未來將由各部會承接轉型正義事項，並由行政院長擔任召集人，且設置「推動轉型正義會報」，行政院另外設置「人權及轉型正義處」，持續推動國家人權與轉型正義的政策，立意良好。不過，對於促轉會解散後，轉型正義工作該何去何從，不僅民間團體有意見，連執政的民進黨也有不同聲音。
民進黨立委范雲、劉世芳、管碧玲等人認為，把促轉相關業務交給法務部並不合理。劉世芳更進一步主張，針對加害者識別與處置，政院應邀集司法院、國發會、法務部等單位研議，成立獨立的調查委員會，否則過去法務部、調查局多以「機密」為由彌封、隱蔽相關檔案，若未來交由法務部負責，恐遭質疑球員兼裁判。
台灣民間真相與和解促進會（真促會）則認為，平復司法不法、識別與處置加害者的工作，皆不適合由法務部當主管機關，前者因法務部屬於行政部門，讓行政權去撤銷司法權的判決，違背權力分立的基本原理，而後者則「很可能在選舉時，成為政治工具。」
面對促轉會即將落幕，國民黨立委曾銘宗曾表示，促轉會打從一開始選人就不對，都是挑選具有強烈意識形態者擔任委員，他給39分，甚至只有29分。民進黨立委陳歐珀則表示，他給促轉會60分，雖然在及格邊緣，但促轉會很多作為都嚴重落後，資料必須透明化，「哪有人加害者的保護比受害者保護還多的？」
促轉會日前公布長達77萬字、2000頁的《任務推動及調查結果報告書》提報行政院，前言提到台灣轉型正義工程的終極目標是「政府機關一體承擔」「全體國民共感共識」，至於促轉會後續留下的任務將何去何從，有待相關機關妥善研議並接手繼續推動，才能讓後人記取前車之鑑，不再重蹈歷史覆轍。
