去年選舉成了候選人的論文學術攻防戰，陳時奮去年7月以「翁達瑞教授」臉書粉專發文，點名藍營候選人柯志恩在2004年發表的兩篇論文，有一稿兩投、自我抄襲的嫌疑，直指其學術不倫。由於當時柯志恩為淡江大學教育心理與諮商研究所的副教授兼所長，陳時奮還要求淡江大學應啟動調查。
柯志恩對此發出聲明，否認相關指控，而國民黨則委託律師向台北地檢署告發，指陳時奮違反《公職人員選罷》、意圖使人不當選以及《刑法》加重誹謗。
然而檢方調查後認為，陳時奮是比對完柯志恩的兩篇論文後才發表評論，有相當憑據、並非無稽，且用意在於訴諸選民公評，傳述可供公斷之事項，不符合意圖使人不當選的構成要件。
此外，陳時奮被告加重誹謗罪，但此罪為告訴乃論罪，而柯志恩本人並沒有提告，律師也非由柯委託，因此本案沒有告訴人、告訴不合法，予以不起訴確定。
陳時奮的論文官司其實還不只這一樁，他也因為在臉書評論捲入林智堅論文爭議調查官余正煌，以及也涉抄襲的新竹市長高虹安，遭2人律師提告，目前仍由北檢偵辦中。
