不過，邱冠勳與馬廷海被控背著大陸工程等大股東，以台北塔為擔保，偷偷發行第二次特別股，邱還成為Green Heaven銀行帳戶的共同簽署人，對於海外控股公司的資金流向具有控制權，但他在應訊時，對馬廷海被控挪用款項或相關資金流向多稱不知情，或推給前財務長鐘肇峰，訊後已被限制出境出海。
本刊掌握，大陸工程代表日前赴檢方作證，聲明在此案中是被害人；專案小組另發現，一家參與聯貸的銀行承辦人與鐘肇峰有不尋常往來，提供銀行團內部討論的不公開資訊，其中是否藏有隱情？以及鍾是否可能轉列被告？檢調正一併釐清。
此外，第二次特別股未經碩河全體股東同意即發行，年息高達19.8％，但認購人只拿到4至8％利息，其餘價差都被邱冠勳單獨控有的Lion Best公司取走，認購手續費更暴增至100萬美元，估計不法利益超過5千萬美元，導致碩河財務負擔加劇，而募來的款項除了部分花在台北塔工程，其餘則用來償還馬廷海的個人貸款。
檢調另根據碩河內部郵件發現，馬廷海從前年8月至去年1月，挪用邱冠勳監管的境外控股公司帳戶約660萬美元，至他私人控制的New Charm公司，邱則收了馬21萬美元，他雖辯稱是私人借款，卻足以證明公、私款項不分，2人恐難脫聯手掏空碩河之嫌。
