檢方認定，浩鼎董座張念慈涉期約行賄翁啟惠，翁啟惠與張念慈在求學時就認識，兩人還共同創立科技產業，私交甚篤，翁啟惠返國服公職後，中研院從2007年起就開始將研發抗癌疫苗技術轉移，至於合作研究開發等方式則與由張念慈擔任董事長的浩鼎公司合作。
由於生產抗癌疫苗所需的重要材料Globo H醣分子製造成本每公克高達200萬美元，生產步驟繁複，張念慈想盡辦法要降低成本及生產步驟，由翁啟惠的中研院研究團隊持續改進醣分子生產方法。
檢方查出，2011年10月，張念慈為順利取得研發關鍵技術，打算以浩鼎公司1500張技術股為對價，作為取得中研院研發成果的交換條件，翁啟惠原本答應張念慈，但因經濟部對於浩鼎技術新股發行有疑義，張念慈為了讓浩鼎公開發行及上興櫃時程加快進行，以利對外籌資，最後放棄以交付技術股方式賄賂翁啟惠，雙方僅達成期約賄賂。
後來張念慈又為了取得翁啟惠研究團隊改良的酵素合成法龐大利益及獲得中研院醣分子等相關研究人員、材料、設備等資源支持，居然以3000張浩鼎公司股票為對價行賄翁啟惠，希望翁啟惠以中研院院長身分，從職務上協助浩鼎公司生產醣分子及取得酵素合成法專屬授權，翁啟惠利用其女兒翁郁琇的證券帳戶，收受張念慈行賄的3000張浩鼎股票。
翁啟惠收下3000張浩鼎股票前後，已利用中研院院長職權，在中研院2012年8月31日在網站公告徵求「新一代酵素合成寡糖技術」專屬技術授權公告，開始與浩鼎公司洽談授權及醣分子材料移轉事宜，但因授權條件無法談妥，張念慈改以另家與浩鼎同辦公室的潤雅公司名義洽談，最後未經研究發展成果管理委員會審議，在2014年4月23日，潤雅公司解除備忘錄後同日與浩鼎公司簽訂專屬授權契約。
檢方說，翁郁琇的玉山證券帳戶及玉山活期儲蓄存款帳戶、印鑑皆由翁啟惠保管，該證券帳戶下單交易亦由被告翁啟惠指示營業員處理，可見帳戶內的浩鼎股票及處分後變得的存款及另行購得的有價證券，均屬被告翁啟惠處分財產，屬於犯罪所得，折合約近億元，請依法宣告沒收。
