國民黨立委翁曉玲提案凍結行政院長卓榮泰9到12月的薪資，不過，賴清德總統18日公布今年度中央政府總預算，並在公布案批示，憲法保障服公職的工作權，人事費用是法定經費，立法院不宜刪減或凍結。對於卓揆薪水是否已入帳？行政院發言人李慧芝今（24）日表示，行政院會依法行政，依照總統的批示，請主計總處研議，立法院違法違憲刪除或凍結政務人員薪資的後續處置，會審慎處理。
今年度中央政府總預算案遭到立法院延宕，直到8月14日才三讀通過，翁曉玲更提案凍結卓榮泰9至12月薪水，全數刪除黨產會政務人員待遇262萬9000元。對此，黨產會主委林峯正20日已證實，賴清德公告總預算有加註兩個意見，「行政院主計總處也開綠燈」。
行政院發言人李慧芝主持院會後記者會，媒體詢問卓榮泰的薪水是否入帳？她表示，依照《憲法》第 54條與《行政院組織法》第 10 條第 1 項規定，行政院長的法定職務受到憲法公職權與工作權的雙重保障，其他法規所規定的政務人員同樣也有法律保障。
李慧芝並表示，行政院長與相關政務人員的俸給，依照「全國軍公教人員待遇支給要點」，也就是《預算法》所規定的法定經費。立法院動用決議方式，凍結閣揆薪資，等於是透過年度預算案的審議，來影響閣揆行使行政職權，此違反釋字第 601 號解釋，逾越立法院的權限，也違反權力分立原則，且違反《預算法》第51 條第一項但書的規定。
李慧芝解釋，《預算法》第 51 條第一項但書，規定法定預算附加條件或期限者從其所規定，但該條件或期限為法律所不許者不在此限。行政院會依法行政，依照總統的批示，請主計總處研議，立法院違法違憲刪除或凍結政務人員薪資的後續處置，會審慎處理。
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