2010年《工廠管理輔導法》曾修訂讓農地違章工廠臨時登記，但截至今年初僅7千多家完成臨時登記，因明年臨時登記大限即將屆滿，因此行政院提出此次修法，要讓已完成臨時登記的農地工廠以及尚未登記的低污染農地工廠就地合法。
原本行政院送到立法院的版本並無落日條款，經過公民團體要求，經濟部建議設置25年落日條款，而民進黨團今開黨團會議決議，落日條款訂為公民團體建議的20年。而公民團體要求的公民訴訟條款部分，民進黨團認為若有污染等事實，現行《國土計畫法》等多項法規都已有公益訴訟的相關規定，故不納入此次修法範圍。
根據三讀條文，2016年5月20日以後新增的農地違章工廠應停水電、拆除，但2016年5月19日前既存的低汙染農地違章工廠應於修法後2年內申請納管，3年內提出改善計畫，10年內取得特定工廠登記，申請納管後，每年須繳交納管輔導金直到取得登記為止，臨時登記效力在20年後落日。中高汙染農地工廠，政府應輔導轉型、遷廠或關廠，拒不配合則依法斷水、電並拆除。
國民黨團總召曾銘宗痛批，此次修法是政策買票，國民黨拒絕背書。民進黨立委蔡培慧則反駁，過去農地工廠問題是歷史共業，本次修法不但要讓中高汙染工廠強制遷廠、關廠，且不配合可斷水電、拆除，最後則是讓低汙染工廠能臨時登記後逐步改善，因此修法是扛起責任。
